Aventura continuă pentru Neo, care acum poate să facă lucruri ce par a sfida toate legile naturii şi asta deoarece într-adevăr, totul este imaginar, creat de maşini. În această parte, Neo se luptă pentru supravieţuirea oamenilor, mai ales că ultima redută a oamenilor, oraşul Zion, aflat la mare adâncime în pământ, urmează să fie atacat de maşini. Neo va afla şi cine a creat matricea.