Neo trebuie să salveze Zionul de distrugerea plănuită de către agentul Smith Aceasta este mai puternic cu fiecare secundă, reprezentând un pericol mai mare decât controlul Maşinilor, o ameninţare mai presus decât sistemul care l-a creat. Împreună cu Tritity, Neo decide să călătorească mai departe decât şi-a imaginat vreo fiinţă. El va ajunge faţă în faţă cu puterea supremă a Maşinii şi se va confrunta cu însăşi rolul său de “The One”.